Sciences de la vie et de la Terre

ANAGENE (Version 1.0) - Fiche d’aide

01 / 03 / 2003 | Migration | Jean-Claude Lehir

Anagène est un logiciel de traitement de séquences
génomiques édité par le CNDP

 Interface

alt="Image1.gif (17853 octets)">

Pour vous aider, une bulle d’aide
s’affiche sur l’objet pointé par le curseur de la souris. alt="Image2.gif (2857 octets)" align="right">

Il est possible
d’inhiber cet affichage (menu Options)

 Accès aux ressources

alt="Image3.gif (1416 octets)">

Les ressources sont constituées d’une banque de séquences nucléiques
(ADN et ARN) et de documents illustratifs (textes, images et animations). Certaines
séquences ont été regroupées en fonction d’une problématique biologique et
constituent un thème d’étude.

 Actions relatives à l’édition des séquences

ACTION
Pointer une séquence

Sélectionner une séquence

alt="Image4.gif (2194 octets)">

Le bouton de sélection affiche une flèche rouge .

Cliquer sur le bouton de sélection. Son nom s’inscrit sur fond
blanc.

Sélectionner plusieurs séquences Cliquer successivement sur les boutons de sélection des différentes séquences.
Parcourir les séquences

<img
src="http://svt.ac-creteil.fr/archives/Doc/Doc1S/Anagene/Image5.gif" width="114" height="21" alt="Image5.gif (1167 octets)">

Agir sur la barre de défilement horizontal
Changer d’échelle Image6.gif (1624 octets) pas de 1

<img
src="http://svt.ac-creteil.fr/archives/Doc/Doc1S/Anagene/Image7.gif" width="120" height="35" alt="Image7.gif (1477 octets)"> pas de 3

Cliquer sur l’échelle graduée pour basculer de l’échelle à pas de 1 vers l’échelle à pas de 3 ou l’inverse
Mise en place du grand curseur

<img
src="http://svt.ac-creteil.fr/archives/Doc/Doc1S/Anagene/Image8.gif" width="80" height="52" alt="Image8.gif (1430 octets)">

Sélectionner la largeur à donner au grand curseur et cliquer sur
Décaler une séquence

<img
src="http://svt.ac-creteil.fr/archives/Doc/Doc1S/Anagene/Image10.gif" width="217" height="32" alt="Image10.gif (1671 octets)">

ex :décalage de 2 vers la droite

Cliquer sur les boutons de décalage Image11.gif (1001 octets) pour créer un décalage positif ou négatif
Changer la séquence de référence

<img
src="http://svt.ac-creteil.fr/archives/Doc/Doc1S/Anagene/Image12.gif" width="65" height="78" alt="Image12.gif (1758 octets)">

Pointer la séquence sélectionnée et cliquer sur Image13.gif (983 octets) pour la remonter en première ligne

 Actions de traîtement des séquences

Image14.gif (1021 octets) Conversion de séquences

Cette fonction peut être appliquée sur les séquences nucléiques et peptidiques et
simultanément sur plusieurs séquences si elles sont de même nature.

TYPE DE CONVERSION

REMARQUES
RELATIVES A

Séquence sélectionnée Séquence convertie

L’AFFICHAGE
OBTENU

ADN ADN obtention des 2 séquences complémentaires de l’ADN
ADN ARNm Transcription
ARNm ADN Rétrotranscription
Nucléique (ADN ou ARN) Peptidique

3 options :

  1. Traduction simple
  2. Positions des phases ouvertes de lecture : affiche dans les 3 cadres de lecture les positions des différents codons
    >>> position d’un codon d’initiation
    === position d’un codon d’élongation
    ~ ~ ~ position d’un codon stop.
  3. Traduction des phases ouvertes de lecture affiche dans les 3 cadres de lecture les différentes séquences peptidiques possibles(cf. option précédente)
Peptidique Nucléique (ADN ou ARN) Affiche les différentes séquences possibles compte tenu de la dégénérescence du code génétique.

Image15.gif (1000 octets) Comparaison de séquences

Pour être appliqué, ce traitement nécessite que 2 séquences au minimum de nature
soit nucléique, soit peptidique et situées dans la fenêtre d’affichage/Edition
soient au préalable sélectionnées.

TYPE DE COMPARAISON REMARQUES RELATIVES A L’AFFICHAGE OBTENU
Comparaison simple La première séquence sert de référence.

- symbole des identités.

NB Le décalage d’une séquence peut modifier
ces identités et différences.

Alignement avec discontinuité

(paramètre
d’alignement par défaut)

Sur la ligne supérieure :

â symbole des identités.

les différences par un espace.

La première séquence sert de référence.

Au niveau des autres séquences :

- symbole des identités.

_ symbole
des manques.

(souligné)

les changements sont affichés en clair.

Image16.gif (1034 octets) Action enzymatique

Sélectionner une ou plusieurs séquences d’ADN

Sélectionner une ou plusieurs enzymes de restriction en fonction de la taille du site.

La représentation graphique affiche alors la carte de restriction : les sites de
restriction s’affichent en rouge ainsi que le mode de coupure de l’enzyme.

 Autres outils

Image17.gif (1023 octets)Information

Obtention d’informations sur la nature des séquences pointées et sur le
résultat des traitements appliqués (nombre de différences avec la séquence de
référence).

Image18.gif (1030 octets)Tableau du code génétique

Tableau de correspondance des codons de l’ARNm avec les acides aminés.

Ouvrir le
fichier Word 6 compacté : ANAGENE.zip 50 Ko

Communiqué
par : Jean Claude LE HIR, Lycée H.MOISSAN, 77 MEAUX

 

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