ANAGENE (Version 1.0) - Fiche d’aide
Anagène est un logiciel de traitement de séquences
génomiques édité par le CNDP
Interface
alt="Image1.gif (17853 octets)">
Pour vous aider, une bulle d’aide
s’affiche sur l’objet pointé par le curseur de la souris.
alt="Image2.gif (2857 octets)" align="right">
Il est possible
d’inhiber cet affichage (menu Options)
Accès aux ressources
alt="Image3.gif (1416 octets)">
Les ressources sont constituées d’une banque de séquences nucléiques
(ADN et ARN) et de documents illustratifs (textes, images et animations). Certaines
séquences ont été regroupées en fonction d’une problématique biologique et
constituent un thème d’étude.
Actions relatives à l’édition des séquences
| ACTION | ||
| Pointer une séquence
Sélectionner une séquence |
|
Le bouton de sélection affiche
une flèche rouge .
Cliquer sur le bouton de sélection. Son nom s’inscrit sur fond |
| Sélectionner plusieurs séquences | Cliquer successivement sur les boutons de sélection des différentes séquences. | |
| Parcourir les séquences |
<img |
Agir sur la barre de défilement horizontal |
| Changer d’échelle |  pas de 1
<img |
Cliquer sur l’échelle graduée pour basculer de l’échelle à pas de 1 vers l’échelle à pas de 3 ou l’inverse |
| Mise en place du grand curseur |
<img |
Sélectionner la largeur à
donner au grand curseur et cliquer sur  |
| Décaler une séquence |
<img ex :décalage de 2 vers la droite |
Cliquer sur les boutons de
décalage 
pour créer un décalage positif ou négatif |
| Changer la séquence de référence |
<img |
Pointer la séquence
sélectionnée et cliquer sur  pour la remonter en première ligne |
alt="Image4.gif (2194 octets)">Actions de traîtement des séquences
**
Conversion de séquences
Cette fonction peut être appliquée sur les séquences nucléiques et peptidiques et
simultanément sur plusieurs séquences si elles sont de même nature.
|
TYPE DE CONVERSION |
REMARQUES |
|
| Séquence sélectionnée | Séquence convertie |
L’AFFICHAGE |
| ADN | ADN | obtention des 2 séquences complémentaires de l’ADN |
| ADN | ARNm | Transcription |
| ARNm | ADN | Rétrotranscription |
| Nucléique (ADN ou ARN) | Peptidique
3 options : |
|
| Peptidique | Nucléique (ADN ou ARN) | Affiche les différentes séquences possibles compte tenu de la dégénérescence du code génétique. |
**
Comparaison de séquences
Pour être appliqué, ce traitement nécessite que 2 séquences au minimum de nature
soit nucléique, soit peptidique et situées dans la fenêtre d’affichage/Edition
soient au préalable sélectionnées.
| TYPE DE COMPARAISON | REMARQUES RELATIVES A L’AFFICHAGE OBTENU |
| Comparaison simple | La première séquence sert de
référence.
NB Le décalage d’une séquence peut modifier |
| Alignement avec discontinuité
(paramètre |
Sur la ligne
supérieure :
les différences par un espace. La première séquence sert de référence. Au niveau des autres séquences :
(souligné) les changements sont affichés en clair. |
**
Action enzymatique
Sélectionner une ou plusieurs séquences d’ADN
Sélectionner une ou plusieurs enzymes de restriction en fonction de la taille du site.
La représentation graphique affiche alors la carte de restriction : les sites de
restriction s’affichent en rouge ainsi que le mode de coupure de l’enzyme.
Autres outils
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Information
Obtention d’informations sur la nature des séquences pointées et sur le
résultat des traitements appliqués (nombre de différences avec la séquence de
référence).
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Tableau du code génétique
Tableau de correspondance des codons de l’ARNm avec les acides aminés.
Ouvrir le
fichier Word 6 compacté : ANAGENE.zip 50 Ko
Communiqué
par : Jean Claude LE HIR, Lycée H.MOISSAN, 77 MEAUX
