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Sciences de la vie et de la Terre

Anagène, la nouvelle version en ligne !

28 / 11 / 2015 | Nathalie Lepouder

Lassé des installations de logiciels ou des mises à jour chronophages ? La nouvelle version d’Anagène, le logiciel conçu pour l’étude de la génétique au lycée, est désormais disponible en ligne sous forme d’application web.
Cette version, en dehors de sa présentation attractive, est intuitive à utiliser et présente de nombreuses nouveautés :
- Visualisation des molécules en 3D
- Base de données enrichie et conforme aux nouveaux programmes
- Utilisable par les élèves en dehors de la classe
- Courant 2016 : Scénarios pédagogiques téléchargeables, matrices de comparaison à compléter, ainsi que construction des arbres phylogénétiques directement sur l’application web.

1.S’abonner
L’abonnement, au prix de 39€, valable de date à date, permet l’obtention d’un compte d’établissement avec lequel il est possible de créer autant de comptes de professeurs que nécessaire. Ces comptes sont utilisables ensuite sur tout poste connecté à internet dans l’établissement ou à l’extérieur. Les élèves eux-mêmes peuvent utiliser Anagène depuis leur domicile avec un compte de classe créé par un professeur.

2. Utilisation du logiciel
Après avoir saisi l’identifiant ou le mot de passe, ici, le service en ligne nécessite une connexion internet uniquement à son lancement et si l’application nécessite actuellement que l’on demeure connecté, elle pourra très prochainement fonctionner hors ligne dès lors que la phase de tests sera terminée.

A partir de la page d’accueil, il est possible d’ajouter une séquence via la banque de séquences ou de la créer. On peut également importer des séquences.
La recherche dans la banque de séquences peut être effectuée par Niveaux, Catégories ou Mots-clés.
Rechercher dans la banque de séquences par niveaux

Lorsque les séquences ont été sélectionnées puis ajoutées, leur affichage est facilité par un code de couleurs : une couleur différente pour chaque nucléotide ou acide aminé . Si la séquence est précédée d’un cube en 3D, alors l’affichage de la molécule en 3D sera accessible depuis le logiciel.

Affichage des séquences

il est possible d’effectuer différentes actions sur les séquences affichées :
- la conversion en brin transcrit de l’ADN, ARN ou peptidique.
Paramètres de conversion
- comparer les séquences (par alignement avec discontinuité) et obtenir un bilan complet de la comparaison avec la longueur des différentes séquences, le nombre de différences, les pourcentages d’identité et de différence.
Comparaison de deux séquences nucléotidiques
- réaliser un graphique de ressemblance : DotPlot pour comparer deux séquences.

Dot-Plot
- utiliser des enzymes de restriction
- visualiser certaines molécules en 3D avec la possibilité de modifier les paramètres d’affichage comme le choix du mode d’affichage (boules et bâtonnets, bâtonnets, rubans, …) ou le choix de la coloration (position, nature, chaîne, …). Ces fonctionnalités seront complétées d’ici le premier trimestre 2016.
Séquence d'ADN en mode 3D, paramètres d'affichage : boules et bâtonnets

Le code génétique peut être utilisé à tout moment et, en plus du code standard, 6 autres codes sont disponibles .
Tableau du code génétique

Une aide est également disponible mais elle est actuellement peu développée
et ne permet pas de comprendre toutes les fonctionnalités du logiciel ou le codage employé.

« Anagène en ligne est un logiciel intuitif, attractif dans sa présentation, qui présente également l’avantage d’être utilisable, pour les élèves, en dehors de la classe. »

 

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