Sciences de la vie et de la Terre

Faire des mesures sur des images avec Mesurim

01 / 09 / 2005 | Frédéric Lalevée | Migration

 Objectifs méthodologiques

Utilisation maîtrisée d’un logiciel spécialisé
dans la mesure sur images, réalisation de mesures à
l’écran.

 Présentation de Mesurim

Mesurim est un logiciel gratuit de travail sur des images,
réalisé par un collègue de l’académie d’Amiens. Il permet de faire
des retouches sommaires d’images, d’extraire des dessins à partir
d’images, mais surtout de faire des mesures de longueurs et de
coordonnées avec échelles, des mesures d’angles et de surfaces ainsi
que des comptages d’objets sur une image.

Pour
plus de détails sur
l’ensemble des fonctionnalités de Mesurim, voir la fiche
Présentation de Mesurim.

La
version utilisée ici est Mesurim Pro (version 3.0). Les versions
antérieures n’ont pas toutes les fonctionnalités.

 Comptage d’objets

On
souhaite compter des éléments dans une image, comme par exemple des
failles, des drosophiles de différents phénotypes, des éléments
floraux (sépales, pétales, étamines et carpelles). Plus l’image est
complexe, plus l’outil est utile.

  • Pour ouvrir l’image dans Mesurim, faire Fichier, 0uvrir. À noter que Mesurim n’ouvre pas les GIF. Les transformer en JPEG avec Irfanview.
  • Choisir le mode comptage (Outil/Comptage). Choisir le nombre (Nombre) de types d’objets que l’on veut mesurer. On peut ensuite donner un nom aux différents types d’objets et modifier les couleurs et les formes servant au comptage. Par exemple :
    <IMG height=142 src="http://svt.ac-creteil.fr/archives/Doc/WordStar/mesures-images/mesures_avec_mesurim/images/comptage.jpg" width=239>
  • Ensuite cliquer successivement sur tous les objets d’un type.
  • Pour effacer une marque, cliquer dessus. Si on veut recommencer, cliquer sur RAZ (Retour à zéro).

Voici l’aspect obtenu avec des drosophiles :

<IMG height=380
src="http://svt.ac-creteil.fr/archives/Doc/WordStar/mesures-images/mesures_avec_mesurim/images/comptage_droso.jpg"
width=371>

 Mesure d’angles

Les angles se mesurent
dans le sens trigonométrique (antihoraire).

  • Ouvrir l’image. Pour obtenir l’outil mesure d’angle, faire Choix, Outil de mesure, Angle.
  • Ensuite, on trace les vecteurs servant à délimiter l’angle. Les vecteurs doivent être tracés également dans le sens antihoraire. Pour tracer un vecteur, on fait un cliquer/glisser avec la souris.

<IMG height=387
src="http://svt.ac-creteil.fr/archives/Doc/WordStar/mesures-images/mesures_avec_mesurim/images/crane_angle.jpg" width=387>

L’angle entre OP et MN
s’affiche en bas de la fenêtre du logiciel.

Conseil : Ne pas oublier de vérifier la validité de l’outil en faisant
des mesures d’angles connus, comme le coin de l’image.

 Mesures de longueurs

On peut obtenir des longueurs absolues si
l’image a une échelle. Ici, la flèche rouge représente 100
mm/an.

  • Ouvrir l’image à étudier.
  • Choisir Image, Créer/modifier l’échelle, Échelle à définir, OK.
  • Choisir Longueur (si ce n’est pas la mesure par défaut), écrire l’unité (mm/an) et la valeur du segment que l’on va tracer (10).
  • Tracer ensuite ce segment en cliquant/glissant avec la souris (ici, on surligne la flèche représentant les 10 mm/y).
  • Pour enregistrer l’échelle, choisir Fichier, Enregistrer le fichier échelle, Ne pas garder en mémoire, OK (l’échelle est alors gardée en mémoire mais seulement pour cette image).
  • Faites ensuite des mesures en traçant des segments avec une orientation quelconque. Lire la valeur en bas de la fenêtre.

<IMG height=222
src="http://svt.ac-creteil.fr/archives/Doc/WordStar/mesures-images/mesures_avec_mesurim/images/mesure_longueur.jpg"
width=319>

La valeur
indiquée est la longueur du grand vecteur déplacement situé en bas à
droite de la carte.

Conseil : Ne pas oublier de vérifier la validité de l’outil et le
bon enregistrement de l’échelle en mesurant l’échelle de
la carte et en constatant que la flèche rouge mesure bien
10 mm/an.

 Mesures de coordonnées dans un repère

  • Ouvrir l’image à étudier.
  • Choisir Image, Créer/modifier l ’échelle, Échelle à définir, OK.
  • Choisir Repère cartésien. Tracer à la souris le cadre actif (rectangle qui doit englober toute la zone du graphique sur laquelle on veut faire les mesures). Dans Nombre d’axes Y, choisir 1 axe.
  • Ensuite, choisir Repérage, Abscisses. Écrire l’unité de l’axe des abscisses, la valeur dans cette unité du premier point (dans notre exemple, ce sera 6h), puis cliquer sur ce point de l’axe des abscisses sur le graphique lui-même. Cliquer sur Deuxième point, indiquer la valeur (par exemple 22h) et cliquer sur le graphique à cet endroit.
  • Choisir Repérage, Ordonnée 1, puis refaire les mêmes opérations que pour les abscisses.
  • Pour enregistrer l’échelle, choisir Fichier, Enregistrer le fichier échelle, Ne pas garder en mémoire, OK.
  • Faites ensuite des mesures en pointant sur un point quelconque du graphique. Les coordonnées s’affichent en bas de la fenêtre.

<IMG height=256
src="http://svt.ac-creteil.fr/archives/Doc/WordStar/mesures-images/mesures_avec_mesurim/images/mesure_glycemie.jpg"
width=413>

La mesure affichée a été
réalisée sur le dernier pic de glycémie. Noter que les heures sont
divisées en 100 unités.

Conseil : Ne pas oublier de vérifier la validité de l’outil en faisant des tests de
cohérence entre les coordonnées affichées et la place du point que
l’on mesure.

 Mesures de surfaces

L’outil de mesure de surfaces est d’un maniement plus délicat
et d’une fiabilité moins grande que les précédents. Cela vient du
fait que les surfaces sont mesurées par leurs couleurs et non par
leurs contours. Il y aura donc toujours une approximation car la
couleur ou la moyenne de couleur sélectionnée ne sera jamais
totalement identique à la surface mesurée.

Il
y a plusieurs façons de mesurer une surface avec Mesurim. Nous
présentons celle qui permet de visualiser le plus facilement la
portion de surface effectivement mesurée.

Première étape : affecter une échelle à l’image

On procède comme pour la création de l’échelle lors d’une mesure de
longueur.(Choisir Image, Créer/modifier l’échelle,
Échelle à définir, OK. Choisir Longueur, écrire l’unité et la valeur
du segment que l’on va tracer. Tracer ensuite ce segment en
enfonçant et en tirant. Pour enregistrer l’échelle, choisir Fichier,
Enregistrer le fichier échelle, Ne pas garder en mémoire,
OK).

Deuxième étape : effectuer la mesure de surface

Choisir une couleur (ici le noir) et une taille pour le
pinceau :

<IMG height=42
src="http://svt.ac-creteil.fr/archives/Doc/WordStar/mesures-images/mesures_avec_mesurim/images/taille_pinceau.jpg"
width=101>

Ensuite, faire Choix,
Outil de mesure, Surface. On aboutit à la boite de dialogue
suivante, que l’on règlera comme suit (ou éventuellement "étend les
conditions" ; cela dépend du type d’image et du type de mesure, faire
des essais) :

<IMG height=256
src="http://svt.ac-creteil.fr/archives/Doc/WordStar/mesures-images/mesures_avec_mesurim/images/boite_surface.jpg" width=347>

Ensuite, cliquer sur la
surface à mesurer : un point noir s’inscrit sur cette surface.

<IMG height=77
src="http://svt.ac-creteil.fr/archives/Doc/WordStar/mesures-images/mesures_avec_mesurim/images/1.jpg" width=76>

Cliquer ensuite sur
Mesurer. La valeur s’affiche en bas de la boite de dialogue, dans
l’unité choisie. Sur l’image on peut voir si toute la surface à
mesurer a été prise en compte. La portion de la surface
effectivement mesurée s’affiche en jaune. On voit qu’ici une portion
de la surface a été oubliée (ce qui reste en rouge). Dans ce cas,
recliquer dans une zone non prise en compte et ensuite sur
Mesurer.

<IMG height=78
src="http://svt.ac-creteil.fr/archives/Doc/WordStar/mesures-images/mesures_avec_mesurim/images/2.jpg" width=75>

On obtient finalement ce
qui figure ci-dessous. Ce n’est encore pas absolument parfait.

<IMG height=75
src="http://svt.ac-creteil.fr/archives/Doc/WordStar/mesures-images/mesures_avec_mesurim/images/3.jpg" width=75>

On peut faire mieux en
grossissant l’image (Image, Zoom, Augmenter) et en diminuant la
taille du pinceau. On peut alors travailler au pixel près. On
obtient :

<IMG height=157
src="http://svt.ac-creteil.fr/archives/Doc/WordStar/mesures-images/mesures_avec_mesurim/images/4.jpg" width=154>

Il faut faire attention
de ne pas sélectionner les pixels du cadre, car dans ce cas tout le
noir de l’image sera aussi mesuré. On voit donc que si on veut
mesurer une surface avec plusieurs couleurs, il suffit d’étendre
progressivement les conditions (dans ce cas choisir "étend les
conditions").

Le seul inconvénient de
la mesure par la couleur est que l’on sélectionne la couleur dans
toute l’image. Si on veut mesurer séparément une surface qui a la
même couleur qu’une autre, il faut la redessiner (voir
ci-dessous)

Dans le cas d’une image
comme la suivante, si l’on veut mesurer des surfaces de calottes, il
faut coloriser les surfaces à mesurer (dans un traitement de texte
par exemple).

<IMG height=278
src="http://svt.ac-creteil.fr/archives/Doc/WordStar/mesures-images/mesures_avec_mesurim/images/calotte_initiale.jpg"
width=402>

<IMG height=283
src="http://svt.ac-creteil.fr/archives/Doc/WordStar/mesures-images/mesures_avec_mesurim/images/calotte_redessinee.jpg"
width=402>

On commence par mesurer
la surface rouge (8000 BP), on note la valeur, puis on étend les
conditions à la zone bleue (18000 BP). Dire oui aux messages qui
s’affichent sur les conditions toujours vraies ou inutiles. Le
critère est le remplissage effectif de la zone à mesurer.

 

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