Sciences de la vie et de la Terre

Modélisation moléculaire

01 / 09 / 2005 | Migration

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src="http://svt.ac-creteil.fr/archives/rasmol/entete2.gif" width="313" height="189">

Niveau : Première et Terminale

Réalisation : Jean-Claude LE HIR Lycée Henri Moissan
  - 77 MEAUX 

 Recherche d’adresses :   Martine PERNODET Lycée Romain Rolland - 94 IVRY s/Seine  
     

Différents logiciels permettent sur des micro-ordinateurs de type PC
486 ou Pentium de proposer aux élèves des Travaux Pratiques leur permettant de manipuler
des représentations de molécules. Ces logiciels et de très nombreux modèles de
molécules sont accessibles sur Internet.

Ces documents vous permettent :

Pour compléter, lisez avec intérêt l’article J. Barrère, J.-Y. Dupont et N.
Salamé dans l’APBG n°4-1995 p 725

Par les mêmes auteurs : « Structures et fonctions des molécules biologiques »

  • publication de l’I.N.R.P.

TÉLÉCHARGEMENT DU LOGICIEL RASMOL

Rasmol est un logiciel de visualisation moléculaire conçu par Roger Sayle (Biomolecular Structure Glaxo Research and Development Greenford, Middlesex, UK) et en permanent développement.

Différentes versions existent
 :

  • version 2.6 ne permettant que le travail sur une seule molécule à la fois.
  • version 2.6 pour machines 32 bits permettant de travailler avec plusieurs molécules simultanément.

Rasmol peut être téléchargé sur son site originel : ftp://ftp.dcs.ed.ac.uk/pub/rasmol

ou sur le site de l’Inrp : http://www.inrp.fr/Acces/Biogeo/accueil.htm

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fich-aid.zip (fich_aid.doc pour Word , 32 kO) en
français, destinée aux élèves où sont rassemblées les principales actions
à mener dans la fenêtre de visualisation et celles à mener dans la fenêtre
« Command Line ».

Vous trouverez une liste plus complète des actions et commandes possibles en lisant le document Refcard.doc ainsi que l’aide du logiciel Rasmol (menu Help
option User Manuel)

Retour au début de page. http://www.inrp.fr/Acces/Biogeo/accueil.htm
  • Une centaine de molécules biologiques fonctionnelles comprenant quelques séquences nucléotidiques, de nombreuses enzymes souvent complexée avec un substrat ou un inhibiteur, différentes hémoglobines, est facilement accessible. Chaque molécule est accompagnée de son code d’identification dans la PDB.

On accède à cette liste par ftp://pdb.pdb.bnl.gov/user_group/biological_units
 

POUR EFFECTUER UNE RECHERCHE PLUS PARTICULIÈRE

Cette recherche se fait en 2 temps :

(Autre site possible pour recherche par critère :http://molbio.info.nih.gov/cgi-bin/pdb )

  • Une fois obtenu le code d’identification d’une molécule (par exemple 1smd code de l’amylase humaine) vous pouvez télécharger le fichier de drescription de cette molécule avec le 3DB Browser de la Protein Data Bank sur le site : http://www.pdb.bnl.gov/cgi-bin/pdbids
  • Après une présentation de l’entête qui permet de vérifier que c’est la molécule recherchée, cliquer sur [complete with coordinates ]. L’ensemble de la description de la molécule se charge dans le navigateur. Une fois le document chargé, enregistrez-le dans le dossier de votre choix en lui donnant un nom de fichier (son ID par exemple) et l’extension pdb pour qu’il soit reconnu par Rasmol.
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stru-pro.zip
(fiche de travail stru_prot.doc pour Word et le modèle moléculaire crambin.pdb,
35 kO).

  MODULE N°2

Modèle d'ADNObjectifs : Structure de la double hélice

Atomes
constitutifs. Structure des nucléotides

Disposition spatiale des nucléotides et liaisons .

La fiche de travail téléchargeable s’appuie sur une portion de double
hélice (fichier modifié adn.pdb), 20 paires de bases.

Téléchargez la fiche stru-adn.zip
(fiche de travail stru_adn.doc pour Word et le modèle moléculaire adn.pdb,
30 kO)

    Retour au début de page.

http://www.umass.edu/microbio/rasmol

ou à partir du site de l’Inrp sur http://www.inrp.fr/Acces/Biogeo/accueil.htm

Attention : l’exécution de ces tutoriels exige une installation
particulière.

Installation par exemple de Antibod2

  Sous Windows 3.1
  • Allez dans le gestionnaire de fichiers.
  • Créez le répertoire immuno comme sous répertoire de Rasmol par exemple.
  • Placez y le fichier ab2zip.exe téléchargé.
  • Double cliquez sur ab2zip.exe pour décompacter les fichiers qu’il renferme.
  • Fermez le gestionnaire de fichiers.
  • Dans le gestionnaire de programmes, ouvrez le groupe de programme où vous avez déjà installé Rasmol.
  • Sélectionnez l’icône Rasmol en cliquant une seule fois sur  elle.
  • Ouvrez la boîte de dialogue Propriétés de programme en cliquant sur Fichier / Propriétés
  • Renseignez les champs Nom et Répertoire de travail en indiquant le chemin où se trouve installé votre tutoriel.

Boîte de dialogue Propriétés

  • Après avoir validé votre tutoriel est prêt à être lancé
  Sous Windows 95
  • Ouvrir l’explorateur
  • Créez le répertoire immuno par exemple.
  • Placez le fichier ab2zip.exe téléchargé, dans ce nouveau répértoire.
  • Double cliquez sur ab2zip.exe pour décompacter les fichiers qu’il renferme.
  • Fermez l’explorateur.
  • Ouvrez la barre des tâches (Démarrer /Paramètres/Programmes du menu Démarrer)
  • Cliquez sur Avancé. A l’aide de l’explorateur qui vient de s’ouvrir, recherchez et sélectionnez le raccourci qui vous permet de lancer habituellement Rasmol.
  • Faites un clic droit sur cette ligne sélectionnée pour ouvrir le menu contextuel.
  • Faites un clic gauche sur l’option Propriétés de ce menu.
  • Cliquez sur l’onglet Raccourci.
  • Dans la ligne « Démarrer en », indiquez le chemin menant au répertoire où est installé le tutoriel.
  • Après avoir validé votre tutoriel est prêt à être lancé

Exécution d’un Tutoriel

Pour un bonne exécution du tutoriel, il est recommandé de disposer les fenêtres de Rasmol de la façon suivante :
fenêtre de visualisation
fenêtre « Command line »
  • Reserver le plus de place possible à la fenêtre de visualisation (en largeur comme en hauteur) et quelques lignes seulement pour la fenêtre "Command line".
  • Dans la fenêtre « Command Line », lancez la commande  script antibod2.top ( ou dna2.top pour l’autre tutoriel) et c’est parti !

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 jclehir@ac-creteil.fr

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     Dernière mise à jour : 23/10/98 

 

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