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Sciences de la vie et de la Terre

Modifier des fichiers PDB-présentation

01 / 09 / 2005 | Sacha Touille

Date :
mars 2004

{{}}<FONT face=Arial size=2>AUTEUR :
Frédéric LALEVÉE
<FONT face=Arial size=1>Lycée Jean Rostand
93420 VILLEPINTE

Niveau concerné :

Lycée
Type
Fiche technique

Modifier des fichier PDB pour isoler des molécules intéressantes
Objectif  : obtenir des fichiers pdb de molécules isolées à partir de fichiers dans lesquelles elles sont groupées avec d’autres molécules.
Les fichiers pdb de molécules que l’on peut télécharger sur internet sont très nombreux et variés. Il arrive cependant que lorsqu’on cherche une molécule particulière, on ne la trouve que groupée avec d’autres, par exemple au sein d’un complexe enzyme-substrat, ou au sein d’un ensemble de 20 structures superposées obtenues par résonnance magnétique nucléaire. Nous montrerons comment modifier les fichiers pdb pour isoler de telles molécules. Ces modifications sont très simples à réaliser.
Exemple de l’isolement d’une portion de la molécule d’amidon
La molécule ci-contre correspond au fichier pdb 1BFN "beta-amylase/beta-cyclodextrin complex".

Les cyclodextrines
sont des molécules naturelles obtenues par dégradation enzymatique
de l’amidon et utilisées en chimie et en pharmacologie.
Elles se présentent sous forme d’oligomères cycliques du glucose
et comportent de 6 à 12 unités. La beta-cyclodextrine est l’heptamère.

Les substrats
inclus dans les cristaux de protéines, sources des fichiers
pdb, sont toujours de petite taille. On ne trouve jamais de substrat
aussi grand qu’une molécule d’amidon. Beaucoup de mini-substrats
sont assez énigmatiques. Celui-ci correspond à une
portion de la molécule d’amidon.

Les modifications faites au fichier pdb on permis d’isoler la cyclodextrine de façon à pouvoir analyser le substrat avant (ou après) l’étude de ses rapports avec l’enzyme.

Une fois la modification
faite, cette molécule tourne autour de son propre centre
de rotation alors que si on "efface" l’enzyme dans RasTop
par exemple, elle tourne autour du centre de rotation du complexe
enzyme-substrat.

 

Exemple
de l’isolement d’une proinsuline

La molécule ci-contre correspond au fichier pdb 1EFE "an active mini-proinsuline". Les 20 structures superposées ont été obtenues par résonnance magnétique nucléaire. L’analyse par RMN est effectuée en solution, ce qui explique l’existence de 20 structures légèrement différentes.

 

 

Les modifications faites au fichier pdb on permis d’isoler une structure et de l’élargir au niveau des hélices alpha. On peut ensuite lui faire subir toutes les modifications d’affichage habituelles dans RasTop, Molusc, ...
Réalisation de ces deux modifications




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