Modifier des fichiers PDB-présentation
Objectif : obtenir des fichiers pdb de molécules isolées à partir de fichiers dans lesquelles elles sont groupées avec d’autres molécules. | |||||
Les fichiers pdb de molécules que l’on peut télécharger sur internet sont très nombreux et variés. Il arrive cependant que lorsqu’on cherche une molécule particulière, on ne la trouve que groupée avec d’autres, par exemple au sein d’un complexe enzyme-substrat, ou au sein d’un ensemble de 20 structures superposées obtenues par résonnance magnétique nucléaire. Nous montrerons comment modifier les fichiers pdb pour isoler de telles molécules. Ces modifications sont très simples à réaliser. | |||||
Exemple de l’isolement d’une portion de la molécule d’amidon | |||||
La molécule
ci-contre correspond au fichier pdb 1BFN "beta-amylase/beta-cyclodextrin
complex".
Les cyclodextrines Les substrats |
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Les modifications
faites au fichier pdb on permis d’isoler la cyclodextrine de façon à pouvoir
analyser le substrat avant (ou après) l’étude de
ses rapports avec l’enzyme.
Une fois la modification |
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Exemple |
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La molécule
ci-contre correspond au fichier pdb 1EFE "an active mini-proinsuline".
Les 20 structures superposées ont été obtenues
par résonnance magnétique nucléaire. L’analyse
par RMN est effectuée en solution, ce qui explique l’existence
de 20 structures légèrement différentes.
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Les modifications faites au fichier pdb on permis d’isoler une structure et de l’élargir au niveau des hélices alpha. On peut ensuite lui faire subir toutes les modifications d’affichage habituelles dans RasTop, Molusc, ... | |||||
Réalisation de ces deux modifications |
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