Sciences de la vie et de la Terre

Rasmol : Mettre en valeur

01 / 09 / 2005 | Migration

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 S’INFORMER

                     

Informations

d’ENSEMBLE

de DÉTAILS

 Chaque fichier de description de molécule

  • commence par un en-tête comportant des renseignements sur le modèle moléculaire,
  • comporte les séquences des groupements (acides aminés et/ou nucléotidiques)
  • décrit chaque atome
    • par son nom ,
    • son appartenace à un groupement ,
    • sa position spatiale dans le modèle.

Il est possible d’exploiter ces
diverses informations.

Utiliser :

 Commencer par charger un fichier de description d’une molécule dans Rasmol (1crn.pdb par exemple) :

  • Cliquer sur

     File

    puis

     Open

    et choisir le
    fichier dans le répertoire voulu.

modes de représentations suivants : Wireframe, Sticks, Spacefill, Ball &sticks
  • Cliquer sur

     Colours

    puis sur

     CPK

CarboneOxygèneAzote
SoufrePhosphoreChlore
Calcium, Fer

Et l’hydrogène dans tout
ça ?
Le plus souvent cet atome n’est pas représenté
dans les modèles. Quand ce n’est pas le cas, il apparaît en
blanc.

  • Cliquer sur un atome , la réponse apparaît dans la fenêtre "Command line" sous cette forme :
Atom : N 224 Group CYS 33

    Vous avez cliqué sur le 224 ème
    atome dans la description de la molécule, c’est un atome d’azote
    appartenant au radical aminacyl de rang 33 qui est une Cystéine

Pour légender les atomes
  • Taper dans la fenêtre « Command line »  : label suivi d’un ou plusieurs

     paramètres.

Voici quelques exemples de syntaxe :

label %aaffiche le nom de l’atome dans la molécule
label %e
affiche le symbole atomique
label %n
affiche le nom du résidu (group)dans la molécule
label %r
affiche le numéro du résidu (group) dans la molécule
label offefface les affichages précédents

Il est possible de’associer plusieurs paramètres. Exemple
 :
label %n%r

             

<IMG src="http://svt.ac-creteil.fr/archives/rasmol/flecheh.gif" BORDER=0 HEIGHT=39 WIDTH=33> <IMG src="http://svt.ac-creteil.fr/archives/rasmol/flechegh.gif" BORDER=0 HEIGHT=28 WIDTH=40>

  

 

  

 

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