Sciences de la vie et de la Terre

superposer

01 / 09 / 2005 | Sacha Touille

superposer

Date :
mars 2004

{{}}<FONT face=Arial size=2>AUTEUR :
Frédéric LALEVÉE
<FONT face=Arial size=1>Lycée Jean rostand
93420 VILLEPINTE

Niveau concerné :

Lycée
Type
Fiche technique

Comment modifier des fichier PDB
pour isoler des molécules intéressantes

Modification préalable des extensions de fichiers
Les fichiers pdb de molécules que l’on utilise dans Rasmol, RastTop, ..., présentent l’extension .pdb. Si on change l’extension en .htm, on obtient une page web qui s’affichera dans Internet Explorer comme représenté dans l’image suivante.
Exemple du début du fichier .htm de la mini-proinsuline, affiché dans Internet Explorer.

Pour modifier les extensions des fichiers, il faut d’abord les afficher : cliquer sur démarrer/poste de travail, dérouler le menu outils, cliquer sur options des dossiers, sur l’onglet affichage et décocher "Masquer les extensions des fichiers dont le type est connu".
Pour modifier l’extension, faire d’abord une copie du fichier initial pour garder un fichier .pdb brut, puis procéder comme lorsqu’on renomme un fichier, mais changer simplement .pdb en .htm. Dire oui à la question "voulez-vous vraiment modifier l’extension ?".
La modification du fichier se fera dans un un éditeur de page HTML, ou dans le Bloc-notes de Windows. Par exemple, un éditeur comme Dreamweaver 2, très répandu depuis qu’il a été distribué gratuitement ces dernières années, convient très bien. Les deux fichiers que nous voulons modifier sont très volumineux. Si on possède un éditeur HTML qui a du mal à les ouvrir on aura recours au Bloc-notes.
Sommaire des fiches modification
Modification du fichier de la mini-proinsuline avec un éditeur de pages HTML Modification du fichier de la mini-proinsuline avec le Bloc-notes Modification du fichier du complexe amylase-cyclodextrine avec un éditeur de pages HTML Modification du fichier du complexe amylase-cyclodextrine avec le Bloc-notes
Fiche présentation