Sciences de la vie et de la Terre

Modification du fichier du complexe amylase-cyclodextrineavec le Bloc-notes

01 / 09 / 2005 | Sacha Touille

Modification du fichier du complexe amylase-cyclodextrineavec le Bloc-notes

Date :
mars 2004

{{}}<FONT face=Arial size=2>AUTEUR :
Frédéric LALEVÉE
<FONT face=Arial size=1>Lycée Jean rostand
93420 VILLEPINTE

Niveau concerné :

Lycée
Type
Fiche technique

Comment modifier des fichier PDB
pour isoler des molécules intéressantes

Modification du fichier du complexe amylase-cyclodextrine avec le Bloc-notes
Avertissement : il ne s’agit pas pour nous d’expliquer comment on construit un fichier pdb, mais de montrer comment, avec un nombre limité de manipulations simples, on peut arriver à afficher une molécule isolée.
Avant d’afficher le fichier dans le Bloc-notes, il est nécessaire d’en comprendre la structure, expliquée dans la page Modification du fichier du complexe amylase-cyclodextrine avec un éditeur HTML.
Afficher le fichier .htm dans le bloc-notes Ouvrir le fichier dans Internet Explorer, dérouler le menu modifier et choisir Modifier avec le Bloc-notes. ------------------------------------- Le Bloc-notes ouvre le fichier rapidement, mais entièrement en code HTML. C’est d’apparence assez compliquée pour ceux qui ne connaissent pas ce code, mais il suffit d’y retrouver les lignes de début et de fin des zones à supprimer.Voir ce qui suit.
Ci-dessous, le début du code HTML, à ne pas toucher.

...interruption... Ci-dessous, on retrouve le début des atomes de l’amylase.

...interruption... Ci-dessous, le début des hétéroatomes du glucose (HETATM Cn GCL).

...interruption... Ci-dessous, le début des hétéroatomes du SO4 et de l’eau.

...interruption... Ci-dessous, la fin du code HTML

Dans le Bloc-notes, on supprime exactement les mêmes lignes que dans un éditeur HTML. Elles sont juste un peu plus difficile à identifier. On supprime toutes les lignes ATOM et les lignes HETATM SO4 et HETATM HOH. Pour supprimer ces lignes, les sélectionner et faire édition couper, puis fichier enregister. Une fois revenu à la page web, cliquer sur actualiser : .
Une fois la page .htm modifiée, la dupliquer et modifier l’extension en .pdb. Vérifier ensuite dans RasTop,... que la modification produite est celle que l’on cherchait.
Modification du fichier du complexe amylase-cyclodextrine avec un éditeur HTML
Sommaire des fiches modification
Fiche présentation