Sciences de la vie et de la Terre

Modification du fichier du complexe amylase-cyclodextrine avec un éditeur HTML

01 / 09 / 2005 | Sacha Touille

Modification du fichier du complexe amylase-cyclodextrine avec un éditeur HTML

Date :
mars 2004

{{}}<FONT face=Arial size=2>AUTEUR :
Frédéric LALEVÉE
<FONT face=Arial size=1>Lycée Jean rostand
93420 VILLEPINTE

Niveau concerné :

Lycée
Type
Fiche technique

Comment modifier des fichier PDB
pour isoler des molécules intéressantes

Modification du fichier du complexe amylase-cyclodextrine avec un éditeur HTML
Avertissement : il ne s’agit pas pour nous d’expliquer comment on construit un fichier pdb, mais de montrer comment, avec un nombre limité de manipulations simples, on peut arriver à afficher une molécule isolée.
Structure du fichier .htm du complexe amylase-cyclodextrine Le fichier étant très long nous n’en affichons que les parties importantes. Lorsqu’on ouvre le fichier .htm dans un éditeur HTML, voici ce qui s’affiche. Il suffira de supprimer une certain nombre de lignes pour obtenir la cyclodextrine seule.

...interruption... Ci-dessous commence le fichier de l’amylase (ATOM 1 ASN ...).

...interruption... Ci-dessous commence la cyclodextrine (lignes HETATM Cn GCL, soit hétéroatomes, carbone, glucose). Il faudra supprimer toutes les lignes ATOM, qui correspondent à l’amylase.

...interruption.... Ci-dessous commencent les données sur les atomes appartenant au SO4 et à l’eau (HOH). Il faudra également éliminer ces lignes.

...interruption...Ci dessous se terminent les données à supprimer. En résumé, on supprimera toutes les lignes ATOM et les lignes HETATM SO4 et HOH. En cas de fausse manoeuvre, faire édition annuler.

Une fois la page .htm modifiée, la dupliquer et modifier l’extension en .pdb. Vérifier ensuite dans RasTop,... que la modification produite est celle que l’on cherchait.
Modification du fichier du complexe amylase-cyclodextrine avec le Bloc-notes
Sommaire des fiches modification
Fiche présentation