Rasmol : Mettre en valeur
01 /
09 /
2005
| Sacha Touille
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S’INFORMER
Chaque fichier de description de molécule
- commence par un en-tête comportant des renseignements sur le modèle moléculaire,
- comporte les séquences des groupements (acides aminés et/ou nucléotidiques)
- décrit chaque atome
- par son nom ,
- son appartenace à un groupement ,
- sa position spatiale dans le modèle.
Il est possible d’exploiter ces
diverses informations.
Commencer par charger un fichier de description d’une molécule dans Rasmol (1crn.pdb par exemple) :
- Cliquer sur
File
puis
Open
et choisir le
fichier dans le répertoire voulu.
- Cliquer sur
Colours
puis sur
CPK
| Carbone | Oxygène | Azote | ||
Soufre | Phosphore | Chlore | |||
Calcium, Fer |
Et l’hydrogène dans tout
ça ? Le plus souvent cet atome n’est pas représenté
dans les modèles. Quand ce n’est pas le cas, il apparaît en
blanc.
- Cliquer sur un atome , la réponse apparaît dans la fenêtre "Command line" sous cette forme :
Vous avez cliqué sur le 224 ème
atome dans la description de la molécule, c’est un atome d’azote
appartenant au radical aminacyl de rang 33 qui est une Cystéine
- Taper dans la fenêtre "Command line"
: label suivi d’un ou plusieurs
paramètres.
Voici quelques exemples de syntaxe :
label %a | affiche le nom de l’atome dans la molécule |
| affiche le symbole atomique |
| affiche le nom du résidu (group)dans la molécule |
| affiche le numéro du résidu (group) dans la molécule |
label off | efface les affichages précédents |
Il est possible de’associer plusieurs paramètres. Exemple
: label %n%r