Modification du fichier du complexe amylase-cyclodextrineavec le Bloc-notes
01 /
09 /
2005
| Sacha Touille
Modification du
fichier du complexe amylase-cyclodextrine avec le Bloc-notes |
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Avertissement : il
ne s’agit pas pour nous d’expliquer comment on construit un fichier
pdb, mais de montrer comment, avec un nombre limité de manipulations
simples, on peut arriver à afficher une molécule isolée. |
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Avant d’afficher le fichier dans le Bloc-notes, il est nécessaire d’en comprendre la structure, expliquée dans la page Modification du fichier du complexe amylase-cyclodextrine avec un éditeur HTML. | |||||
Afficher
le fichier .htm dans le bloc-notes
Ouvrir le fichier ------------------------------------- Le Bloc-notes ouvre le fichier rapidement, mais entièrement |
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Ci-dessous, le début du code HTML, à ne pas toucher. | |||||
...interruption... Ci-dessous, on retrouve le début des atomes de l’amylase. | |||||
...interruption... Ci-dessous, le début des hétéroatomes du glucose (HETATM Cn GCL). | |||||
...interruption... Ci-dessous, le début des hétéroatomes du SO4 et de l’eau. | |||||
...interruption... Ci-dessous, la fin du code HTML | |||||
Dans
le Bloc-notes, on supprime exactement les mêmes lignes que
dans un éditeur HTML. Elles sont juste un peu plus difficile à identifier.
On supprime toutes les lignes ATOM et les lignes HETATM SO4 et
HETATM HOH. Pour supprimer ces lignes, les sélectionner et faire édition couper, puis fichier enregister. Une fois revenu à la page web, cliquer sur actualiser : . |
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Une fois la page .htm modifiée, la dupliquer et modifier l’extension en .pdb. Vérifier ensuite dans RasTop,... que la modification produite est celle que l’on cherchait. | |||||
Modification du fichier du complexe amylase-cyclodextrine avec un éditeur HTML | |||||
Sommaire des fiches modification | |||||
Fiche présentation |
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