Sciences de la vie et de la Terre

Fiche analyse logiciel RasTop 2.0.1

01 / 09 / 2005 | Migration

RasTop 2.0.1

Niveau Lycée
Type Logiciel de visualisation de molécules en 3D
Auteur(s) R. Sayle, P. Valadon et N. Salamé pour la version française
Editeur INRP
Support Téléchargement gratuit après enregistrement sur le site de l’INRP

 

Logiciel de visualisation de molécules en 3D

1.
Affichage des molécules en 3 dimensions

2.
Sélection de tout ou partie de la molécule pour en modifier l’affichage

3.
Affichage simultané de plusieurs fenêtres

4.
Affichage de plusieurs molécules dans la même fenêtre


Nécessité de se constituer une banque
de molécules en téléchargeant des fichiers au format
.pdb

 

Chlorophylle.
En vert, l’atome de magnésium.

Affichage des molécules en 3 dimensions.

Les molécules s’affichent
en trois dimensions. On peut leur faire faire subir des translations,
des rotations, zoomer. On peut faire une coupe dans la molécule en ajustant
sa coupe, c’est à dire en avançant ou en reculant le plan de coupe.
Le pointage avec la souris permet de faire apparaître simultanément
le nom des atomes, et le nom des acides aminés, nucléotides ou petites
molécules auxquels ils appartiennent.

 

 

Sélection de tout ou partie de la molécule pour en modifier l’affichage.

Il est possible de
sélectionner avec la souris ou des icônes, des atomes (tel ou tel
élément chimique), des molécules (tel ou tel acide aminé, tel ou tel nucléotide),
des chaînes ou des portions de molécule selon leur nature (chaîne protéique,
acides nucléiques,…) ou leur fonction (substrat, hélice alpha, feuillet
béta, liaison disulfure, acides aminés hydrophobes,…). On peut
aussi utiliser des scripts de type RasMol. Les parties de la molécule
sélectionnée peuvent subir une modification de l’affichage, boules et
bâtonnets, sphères, rubans, affichage du nom de l’atome, coloration ,…
On peut également afficher les liaisons hydrogène, mesurer des distances
entre atomes, des angles entre liaisons.

 

Affichage simultané de plusieurs fenêtres.

Il est possible d’afficher
plusieurs fenêtres simultanément. On peut ainsi comparer les 4 bases azotées
ou quelques acides aminés, ou encore afficher différemment la même molécule.

 

Comparaison
de l’ATP et de l’AMP dans la fenêtre de RasTop

 

 

Affichage de plusieurs molécules dans la même fenêtre.

On peut afficher plusieurs
molécules dans la même fenêtre. On peut ensuite leur faire faire des rotations,
des translations, sélectionner des portions, les colorer,…ensemble ou
séparément. On peut par exemple charger deux fois une enzyme avec son
substrat, effacer le substrat de l’une et l’enzyme de l’autre, pour ensuite
placer avec la souris le substrat dans le site de fixation de l’enzyme.

 

La carboxypeptidase
avec son substrat et le substrat seul

 

Rastop est un logiciel dérivé de Rasmol. Il se présente comme un logiciel habituel, avec des barres d’outils contenant de nombreuses icônes en haut et en bas de la fenêtre d’affichage des molécules. Le menu étendu et de nombreuses commandes directes par icônes font que les molécules se manipulent rapidement.

RasTop est un outil
de visualisation de molécules efficace et puissant qui peut être utilisé
en seconde (ADN), première (phénotype, enzymologie,...) et terminale (évolution
moléculaire, immunologie, métamorphisme, ainsi que génie génétique et
énergétique en spécialité). Le grand nombre de possibilités du logiciel
permet au professeur de personnaliser l’utilisation qu’il en fait avec
les élèves.

 

Téléchargement de RasTop

Sur le site de l’INRP
 : http://www.inrp.fr/Acces/biotic/rastop/html/3D-DB.htm
A partir de banques
de molécules :

http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/index.html
http://www.rcsb.org/pdb/index.html

Avec un moteur
de recherche :
en tapant par exemple « ice pdb » ou "vanilline
pdb" dans un moteur de recherche, on pourra avec un peu de tâtonnement,
télécharger les fichiers pdb des structures de la glace et de l’eau, du
quartz, de la vanilline, ...

 

Avis du groupe
Un logiciel indispensable au lycée
Autres produits analysés

 

 

 

 

 

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